常用于制藥廢水的好氧生物法主要包括：普通活性污泥法、加壓生化法、深井曝氣法、生物接觸氧化法、生物流化床法、序批式間歇活性污泥法等。

        目前，國內(nèi)外處理抗生素廢水比較成熟的方法是活性污泥法。由于加強(qiáng)了預(yù)處理，改進(jìn)了曝氣方法，使裝置運(yùn)行穩(wěn)定，到20世紀(jì)70年代已成為一些工業(yè)發(fā)達(dá)國家的制藥廠普遍采用的方法。但是普通活性污泥法的缺點(diǎn)是廢水需要大量稀釋，運(yùn)行中泡沫多，易發(fā)生污泥膨脹，剩余污泥量大，去除率不高，常必須采用二級或多級處理。因此近年來，改進(jìn)曝氣方法和微生物固定技術(shù)以提高廢水的處理效果已成為活性污泥法研究和發(fā)展的重要內(nèi)容。

        加壓生化法相對于普通活性污泥法提高了溶解氧的濃度，供氧充足，既有利于加速生物降解，又有利于提高生物耐沖擊負(fù)荷能力。

        深井曝氣法是高速活性污泥系統(tǒng)。和普通活性污泥法相比，深井曝氣法具有以下優(yōu)點(diǎn)：氧利用率高，相當(dāng)于普通曝氣的10倍；污泥負(fù)荷高，比普通活性污泥法高2．5～4倍；占地面積小、投資少、運(yùn)轉(zhuǎn)費(fèi)用低、效率高、COD的平均去除率可達(dá)到70％以上；耐水力和有機(jī)負(fù)荷沖擊能力強(qiáng)；不存在污泥膨脹問題；保溫效果好。

        生物接觸氧化法兼有活性污泥法和生物膜法的特點(diǎn)，具有較高的處理負(fù)荷，能夠處理輕易引起污泥膨脹的有機(jī)廢水。在制藥工業(yè)生產(chǎn)廢水的處理中，經(jīng)常直接采用生物接觸氧化法，或用厭氧消化、酸化作為預(yù)處理工序來處理制藥生產(chǎn)廢水。但是用接觸氧化法處理制藥廢水時(shí)，假如進(jìn)水濃度高，池內(nèi)易出現(xiàn)大量泡沫，運(yùn)行時(shí)應(yīng)采取防治和應(yīng)對措施。
生物流化床將普通的活性污泥法和生物濾池法兩者的優(yōu)點(diǎn)融為一體，因而具有容積負(fù)荷高、反應(yīng)速度快、占地面積小等優(yōu)點(diǎn)。

        序批式間歇活性污泥法(SBR)具有均化水質(zhì)、無需污泥回流、耐沖擊、污泥活性高、結(jié)構(gòu)簡單、操作靈活、占地少、投資省、運(yùn)行穩(wěn)定、基質(zhì)去除率高于普通的活性污泥法等優(yōu)點(diǎn)，比較適合于處理間歇排放和水量水質(zhì)波動大的廢水。但SBR法具有污泥沉降、泥水分離時(shí)間較長的缺點(diǎn)。在處理高濃度廢水時(shí)，要求維持較高的污泥濃度，同時(shí)，還易發(fā)生高粘性膨脹。因此，常考慮投加粉末活性炭，以減少曝氣池泡沫，改善污泥沉降性能、液固分離性能、污泥脫水性能等，以獲得較高的去除率。直接應(yīng)用好氧法處理抗生素廢水仍需考慮廢水中殘留的抗生素對好氧菌存在的毒性，所以一般需對廢水進(jìn)行預(yù)處理。