抗生素廢水的處理方法可歸納為以下幾種：物化處理方法、好氧生物處理方法、厭氧生物處理方法以及多種方法的組合處理等。

        物化法主要包括沉淀、混凝、過濾等方式。由于抗生素生產廢水成分復雜，有機物含量高，同時含有少量的殘留抗生素，在采用生化處理時，殘留抗生素對微生物的強烈抑制作用造成廢水處理過程復雜、成本高和效果不穩定。

        好氧生物處理主要有SBR、氧化溝、深井曝氣及接觸氧化法等。但是，由于抗生素廢水屬于高濃度有機廢水，常規好氧工藝活性污泥法難以承受COD濃度10g/L以上的廢水，需對元廢水進行大量稀釋，因此，清水、動力消耗很大，導致處理成本很高，應用廠家實際廢水處理率也較低。

        厭氧生物處理主要有厭氧消化池、厭氧濾池、上流式厭氧污泥床，厭氧膨脹顆粒污泥床、內循環等。與好氧處理相比，厭氧發在抗生素廢水處理方面通常具有有機負荷高，污泥產率低，產生的生物污泥易于脫水，營養物需要量少，不需曝氣，能耗低，可以產生沼氣，回收能源，對水溫的事宜范圍廣，活性厭氧污泥保存時間長等優點，得到越來越多越來越廣發的應用。