船舶生活污水處理的難點所在，除了上述所探討的船舶生活污水的水量及水質特性外，船舶本身的環境特點也應關注。經實船試驗研究，影響船舶生活污水處理裝置的環境因素概括如下：

(1)空間和位置。船舶生活污水處理裝置的安裝位置通常設計為便于進行廁所排水的收集，因此受廁所分布和排水系統布設以及艙容的影響，其位置相對固定，有時受到空間限制需要設置兩套處理裝置。空間問題在游艇和軍艦上尤為突出。

由于主甲板下艙室的空問尤其是高度受到較大限制，通常船舶生活污水處理裝置的設計高度均<2m，因此就限制了裝置結構和相關設計參數的選用。而反應器有效高度過低(水深淺)限制了氧的傳遞效率(<2%)，將影響生物降解的效率。同時反應器的容積限制使得除渣、布水、布氣及集水系統的布設受限而難以發揮應有功能，出現堵塞、短路等而影響處理效果。

在理想的情況下，處理裝置應該位于船舶的底部和舯部附近。不適當的位置會影響橫傾和縱傾，或者減低重心高度，尤其是游艇上，由于受污水不定容積和自由液面效應的影響而導致船體穩定性減小。

(2)船舶類型和航線。不同類型的船舶(貨輪、客班船及游輪等)所排放的船舶生活污水水質、水量區別較大，這與在船人員素質、人數以及沖洗機制的不同密切相關。因此，應針對不同船型考慮預處理設施(如除渣器)并進行水質、水量的調節，而不能任意搬用相同的處理裝置。

航線涉及到船舶航行所經水域，不同水域的水環境質量不同，要求排入的船舶生活污水水質也不同，因此應選用不同類型的處理裝置。另外不同航線的船舶停泊時生活污水排放低負荷甚至零負荷情況及時間長短也有較大差異，如何使得處理裝置在此期間不受影響也是一個值得關注的問題。

(3)運動效應。船舶航行過程中由于運動所產生的動力效應，會對一些傳統的陸上污水處理裝置產生影響。如運動破壞了沉淀分離及布水和集水系統所要求的靜止狀態，影響處理效果及出水水質；沖擊和振動負荷能對系統產生不良影響，并會使處理過程發生問題和機械故障；搖晃和傾斜會對曝氣系統及自控裝置產生影響，出現曝氣不均勻及裝置誤報警和異常操作問題。

(4)艙室空氣溫度。艙室的溫度通常為4-60℃，對于采用生物處理工藝的裝置可能在夏季產生不利影響。如果采用的配套設備(如鼓風機)管路設計和運行不當，會使處理裝置內液體溫度升高至35℃以上，從而抑制微生物的生理活動。