自然生態處理是在自然條件通過環境生物凈化廢水的一種方法，目前已成為研究與應用的熱點，其中穩定塘、土地處理、人工濕地研究與應用最多。它們的共同特點是能耗低，管理簡便，運行費用低，可實現多種生態系統的組合，有利于廢水的綜合利用。

因其占地量大，特別適宜有足夠土地可利用的小型養殖場。日本曲徑探尋10多年后，于20世紀70年代又大力推廣糞便污水還田。美國、澳大利亞等國一般采用未經厭氧處理而直接進入氧化塘的方法來處理畜禽糞便污水，同時要經過多級厭氧塘、兼性塘、好氧塘與水生植物塘，污水停留時間長，占地面積大。我國南方地區大多采用厭氧預處理后再進入氧化塘進行處理。在人工濕地處理養殖廢水方面的研究，主要著眼于植物的篩選和處理效果的考察，而對于氧化塘、人工濕地究竟需要多大面積其出水才能達到標準，此方面尚缺乏深入研究。

1 穩定塘工藝

養殖廢水在進入氧化塘處理前，必須經預處理，如先經沉淀池處理再經厭氧濾池進行降解，最后進入氧化塘系統，這樣才能實現氧化塘的處理效果，否則懸浮物和有機物濃度過高，氧化塘的處理效果不理想。通常在氧化塘正常運行的條件下CODCr的有效臨界點為262.6mg/l，一旦超過臨界點氧化塘中植物的受傷程度越大，凈化作用就越小。

采用厭氧塘、兼性塘和好氧塘串聯系統處理禽畜養殖廢水，從建造和運行角度而言是最經濟的，并且處理效果令人滿意、可靠。除了開始運行時有些氣味外，不會產生其他問題。

2 土地處理

采用噴灌土地的方法處理屠宰廢水主要應用于美國，此系統的優點是簡單、成本低，但操作不當可能會引起地表水和地下水的污染，過量的脂肪可能會造成土壤堵塞，因此該方法對廢水預處理的要求較高。

3人工濕地處理

人工濕地是通過對濕地生態系統中的物理、化學和生物三者的協同作用來處理污水。其特點是投資少、效果好、運行維護方便 ，建設成本相同能力污水處理廠的1/5左右。但其占地面積是傳統污水處理廠的5～10倍左右。單獨采用人工濕地處理禽畜養殖廢水，難以達標，如果與物化預處理和生物預處理結合，既可以節省投資，也可以降低運行費用。