產后治理即末端治理，主要是對畜禽糞尿進行資源化、無害化處理。目前有關產后治理方法的研究主要側重于各種畜禽糞尿處理方面，主要有物理處理法、物理化學處理法、化學處理法和生物技術處理法。由于物理處理法只能初步處理污水，而對分離出的固態糞便則多采用無防滲、防淋失設施的露天晾糞場處理，糞便的理化特征改變較小，這種方法處理效率和去除率低，而化學處理法存在二次污染問題，故實際中應用較少，目前研究最多的就是以生物處理法為主的混合處理法。

適合禽畜養殖廢水的產后生物處理方法有：

厭氧處理方法

好樣處理方法

堆肥處理方法

自然處理方法

在實際應用中，一般視具體情況，以以上幾種方法為主體并結合其他處理方法進行優化組合，資源化、無害化和運行費用低廉化應是養殖廢水處理的首要原則。