檸檬酸生產廢水中污染物的主要組成為：(1)原料在發酵過程中沒有形成檸檬酸的部分,如糖類、雜酸等有機物；(2)由于提取率不能達到100%而流失的部分檸檬酸。不同原料和工藝所產生的廢水水質略有不同，但濃度差別較大。以玉米為原料的檸檬酸廢水的污染物濃度最低，以薯干為原料的檸檬酸廢水的污染物濃度最高，以木薯為原料的檸檬酸廢水的污染物濃度居中。

        檸檬酸生產主要污染物濃度及排放量見表1（檸檬酸工業廢水處理現狀）

        廢水中主要含有淀粉質、蛋白質、各種有機酸、生產菌體所分泌的酶、發酵殘留物、葡萄糖、氨氮和脂肪等有機物及N,P,S等無機物。