醬油工業廢水處理方法按照作用原理可以分為物理法、化學法和生物化學法3大類。

(1)物理法

醬油工業廢水處理的物理方法有篩濾、撇除、調節、沉淀、氣浮、離心分離、過濾、微濾等。前5種工藝主要用于預處理或一級處理，后3種工藝用于深度處理。篩濾是預處理中使用最廣泛的一種方法，從廢水中分離出顆徑較大的分散性懸浮固體；撇除法可以消除油脂對工藝設備的腐蝕和出水水質影響，有利于對油脂的回收，醬油工業廢水水質水量變化幅度很大，利用調節池可以調節其變化幅度；沉淀用于廢水中無機固體物和有機固體物，分離生物處理中的固相和液相；氣浮法用于去除醬油廢水中的乳化油、一些活性物質和其它懸浮物。如果要對廢水進行深度處理，可以應用這3種工藝。物理法處理成本低，但是無法單獨使出水水質達到要求，只能作為輔助工藝。

(2)化學法

中和法、氧化還原法、混凝法、離子交換法、膜分離法都屬于化學處理法。在醬油工業廢水處理中主要應用混凝法，要與物理法中的沉淀法、氣浮法結合使用構成混凝沉淀、混凝氣浮。化學處理工藝主要用于去除水中的細微懸浮物和膠體雜質。化學法處理效果好，但是成本高，企業難以承受，廢水處理率降低，所添加的化學藥劑會形成新的污染，不利于廣泛推廣。

(3)生物化學法

醬油廢水生物處理技術是利用水中微生物的代謝特性，對醬油廢水中有機污染物進行分解。生物處理工藝可分為好氧工藝、厭氧工藝、穩定塘、土地處理，以及上述工藝結合形成的各種工藝組合。醬油工業廢水是高濃度有機廢水，利用生化法做為二級處理，主要降解COD和BOD5。生化法具有成本低、處理效果好、抗沖擊負荷能力強、處理水量大的優點。