MBR膜組件清洗方式主要有在線護清洗和離線清洗。

(1)在線清洗

在線清洗的頻率通常為1次/1周，采用有效氯濃度為300mg/L～500mg/L的NaClO，從產水側定量注入膜組件內，藥劑注入時間為30min，藥劑注入完成后靜置浸泡30min。單位膜面積藥劑量為2~2.5L/m2，總的藥劑配制量要計算輸送管道容量。

　(2)離線清洗

　　當在線清洗不能恢復膜性能時，要進行離線清洗，把膜組件吊出浸沒在專用清洗池內，清除污染物，使膜性能恢復到接近初期值的狀態。浸泡清洗一般都能夠顯著恢復膜性能。

離線清洗時，將整體膜組件或單個膜片浸入堿性清洗藥劑(效氯濃度2000-3,000mg/L、pH10~11的NaClO溶液)或酸性清洗藥劑(1-2%草酸或檸檬酸、0.1～0.5%硫酸或鹽酸)中。浸泡時間NaClO為6～24h小時，酸為2h。