絮凝過程的主要作用是將水中呈分散狀態的微粒雜質聚集成較大的絮凝體，從而通過沉淀、過濾等過程從水中分離。影響醫藥廢水絮凝效果的因素，除水力條件外，主要有以下幾個方面：由于制藥廢水中COD、色度和SS的含量均較高，且可生化性都較差，所以一般宜選用高分子絮凝劑進行絮凝處理，利用高分子絮凝劑在一定條件下通過自身的長鏈將廢水中的顆粒、膠體物質以及可溶性大分子物質“橋聯”起來形成大的顆粒聚合體而去除。當然，決定絮凝劑種類的最終因素還是廢水的性質、主要污染物種類，不同污染物所適用的絮凝劑不同。MuhammadH.等采用化學絮凝沉淀工藝對高濃度有害廢水進行預處理的試驗研究，結果表明在含有Fe2+、Fe3+、Al3+幾種絮凝劑中，含有Fe3+的FeCl3的絮凝效果最為理想。這主要是由于廢水中存在大量的丙烯酸脂結構可以形成Fe3+的配位基體和電子供體，從而使得Fe3+與丙烯酸脂結構的結合能力遠遠大于其余離子，因而絮凝效果十分理想，對原廢水濁度的去除達到99%以上。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。
有研究證實，疏水性越強的陽離子絮凝劑對陰離子性質的有機污染物的絮凝效果越好。有機和無機絮凝劑絮凝作用主要機理不同，在實際處理過程中有意識地將兩者結合起來使用絮凝效果更佳。但二者投加順序十分關鍵，一般先投加無機絮凝劑再投加有機絮凝劑，這主要是因為用絮凝法處理制藥廢水要首先考慮使水體中的膠體脫穩，即首先考慮無機絮凝劑的吸附電中和作用，在膠體脫穩的基礎上再使有機絮凝劑的網捕和架橋功能發揮協同作用。向利福平廢水中依次投加聚合硫酸鐵(PFS)和陽離子聚丙烯酰胺(C-PAM季銨型)絮凝劑并調節pH值到中性，這樣充分發揮前者的吸附-電中和和壓縮雙電層絮凝作用以及后者的架橋吸附和網捕卷掃的絮凝作用，所取得的處理效果遠比使用單一絮凝劑好，且絮凝體大、密集，沉降分層迅速。研究同樣證實，將無機凝聚劑與高分子絮凝劑復合使用，分離發酵液中的谷氨酸菌體是一種行之有效的做法。
