化學法是廢水處理的傳統方法，目前以氧化法、電解法以及高級氧化法等作為制藥廢水的預處理及2級處理比較常見。譚燕宏研究表明，KMnO4氧化法預處理中草藥制藥廢水的優化反應條件為：KMnO投加量13mg/L，反應溫度60℃，反應時間25min，pH為6，預氧化法為后續處理減輕了很大難度，但是由于反應溫度過高，給實際應用提出了新的問題[。趙敏采用三維電極法對河南鄭州某制藥廠維生素制藥廢水深度處理進行試驗研究，優化工藝參數：電解電壓為10V，極板間距8cm，電解時間20min，初始pH為4，此時COD和色度的最大去除率分別為59.5%和93.57%，但是酸性環境中可能會產生對電極和反應槽的腐蝕作用，所以尋求適合的催化劑，使反應在不調節pH或者在稍偏酸的環境中也有較好的處理效果，從而降低運行的成本。微電解法目前已應用于工業廢水的處理。ZhouJian等對鐵炭微電解系統處理高氮、難降解制藥廢水進行了研究，結果表明，填料的粒度，pH、鐵碳含量、氣水體積比和停留時間，影響鐵炭微電解系統的脫氮效率。馮雅麗等采用鐵炭微電解法預處理COD為10.08g/L，pH為8.3，鹽質量分數為3.5%，BOD5約為1400mg/L，B/C為0.14的高含鹽制藥廢水，優化反應條件：pH為4.5，鐵投加量40g/L，鐵炭質量比1：1，反應時間4h，COD去除率可達40%以上，并可以提高廢水的可生化性。該法處理設備簡單、易制作、操作方便、處理成本較低、適用范圍廣、易于同其他方法聯合使用等特點。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔術文檔。

　　化學法也可作為制藥廢水的深度處理方法。李再興等研究表明，Fenton氧化抗生素廢水2級處理出水的單因素試驗優化工藝條件為：H2O2投加量為5mL/L，初始pH為4，Fe2+、H2O2摩爾比為1/20，反應時間為60min，實驗證明了Fenton氧化作為抗生素廢水3級處理的可行性，但在實際工程中的應用還有待考量。張國威等以東北某制藥廠廢水為研究對象，對O3/H2O2處理制藥廢水的影響因素進行試驗研究，結果表明，在深度處理進水COD約為480mg/L時，優化工藝參數：pH為9，臭氧投加量1247mg/(L•h)，處理時間4.5h，COD去除率可達到83%[16]。AchilleosA等利用UV-A/TiO2光催化氧化法降解制藥廢水中抗生素類藥物雙氯芬酸等有機污染物，主要研究了催化劑的種類和負荷、雙氯芬酸的初始含量及H2O2的用量等因素對處理效果的影響。