1、還田模式
畜禽糞便污水還田作肥料為傳統而經濟有效的處置方法，可使畜禽糞便不排往外界環境，達到污水零排放。既可有效處置污染物，又能將其中有用的營養成分循環于土壤-植物生態系統中，家庭分散戶養畜禽糞便污水處理均采用該法。該模式適用于遠離城市、土地寬廣且有足夠農田消納糞便污水的經濟落后地區，特別是種植常年需施肥作物地區，要求養殖規模較小。還田模式主要優點一是污染物零排放，最大限度實現資源化，可減少化肥施用量，提高肥力；二是投資省，不耗能，毋需專人管理，運轉費用低等。其存在的主要問題一是需要大量土地利用糞便污水，每萬頭豬至少需7hm2土地消納糞便污水，故其受條件所限為適應性弱；二是雨季及非用肥季節必須考慮糞便污水或沼液的出路；三是存在和傳播禽畜疾病和人畜共患病的危險；四是不合理的施用方式或連續過量施用會導致NO3-、P及重金屬沉積，成為地表水和地下水污染源之一；五是惡臭以及降解過程所產生的氨、硫化氫等有害氣體釋放對大氣環境構成威脅。
我國一般采用厭氧消化后再還田利用，可避免有機物濃度過高而引起的作物爛根和燒苗，同時經過厭氧發酵可回收能源CH4，減少溫室氣體排放，且能殺滅部分寄生蟲卵和病原微生物。國外對畜禽糞便污水還田利用的研究主要側要重于安全性評估以及減少風險的措施。我國該方面研究則主要著眼于畜禽糞便污水厭氧消化液(沼液)的正面影響即改良土壤及增產效果，而對其副作用即長期施用所產生的危害尚未引起足夠重視。
2自然處理模式
自然處理模式主要采用氧化塘、土地處理系統或人工濕地等自然處理系統對養殖場糞便污水進行處理，適用于距城市較遠、氣溫較高且土地寬廣有灘涂、荒地、林地或低洼地可作污水自然處理系統、經濟欠發達的地區，要求養殖場規模中等。自然處理模式主要優點一是投資較省，能耗少，運行管理費用低；二是污泥量少，不需要復雜的污泥處理系統；三是地下式厭氧處理系統厭氧部分建于地下，基本無臭味；四是便于管理，對周圍環境影響小且無噪音；五是可回收能源CH4地。其主要缺點一是土地占用量較大；二是處理效果易受季節溫度變化的影響；三是建于地下的厭氧系統出泥困難，且維修不便；四是有污染地下水的可能。
我國南方地區如江西、福建和廣東等省也多應用自然處理模式，但大多采用厭氧預處理后再進入氧化塘進行處理，厭氧處理系統分地上式和地下式，氧化塘為多級塘串聯。我國在人工濕地處理養殖廢水方面進行的一些實驗研究和工程應用，主要著眼于植物篩選和處理效果的考察，而在氧化塘以及人工濕地處理養殖廢水設計中，一般參照氧化塘或人工濕地處理其他污水的資料作為設計依據或者隨意設計，但針對畜禽養殖廢水，其氧化塘、人工濕地究竟需要多大面積，出水才能達到標準，季節溫度變化對自然處理系統效果的影響等方面尚缺乏深入研究和規范可依。
3工業化處理模式
工業化處理模式包括厭氧處理、好氧處理以及厭氧一好氧處理等處理組合系統。對那些地處經濟發達的大城市近郊、土地緊張且無足夠農田消納糞便污水或進行自然處理的規模較大養殖場，采用工業化理模式凈化處理畜禽糞便污水為宜。工業化處理模式主要優點一是占地少；二是適應性廣，不受地理位置限制；三是季節溫度變化的影響較小。其主要缺點一是投資大，每萬頭豬場糞便污水處理投資約120萬～150萬元；二是能耗高，每處理1m3污水約耗電2～4kW•h三是運轉費用高，每處理1m3污水需運轉費2.0元左右；四是機械設備多，維護管理量大；五是需專門技術人員管理。
我國目前已有相當多的養殖場采用該模式處理糞便污水。畜禽養殖糞便污水厭氧處理工藝通常有完全混合式厭氧反應器、厭氧濾池、厭氧擋板反應器、厭氧復合反應器、上流式厭氧污泥床和內循環厭氧反應器等。畜禽養殖糞便污水含有高濃度的懸浮物和NH4+-N，影響r高教厭氧反應器的效率。好氧工藝早期主要采用活性污泥法、接觸氧化法、生物轉盤、氧化溝和缺氧一好氧法等工藝，這些工藝處理養殖場廢水脫N效果均差，其中缺氧好氧法雖能取得較好脫N效果，但需要污泥回流和高比例混合液回流，一般還需加堿。而采用間歇曝氣處理豬場廢水其有機物與N、P去除效果較好，此后以間隙曝氣為特點的序批式反應器廣泛應用于豬場廢水處理中，且絕大多數獲得較好有機物與N、P去除效果。由于養殖場廢水系高濃度有機廢水，采用好氧處理工藝直接進行處理則需對廢水進行稀釋，或采用很長的水力停留時間(一般6d以上，有的甚至長達16d)，這都需建大型處理裝置，投資大，能耗高，運行費用昂貴。高濃度有機廢水采用厭氧一好氧聯合處理工藝是公認的最經濟方法。具體參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。
目前采用厭氧一好氧工藝處理養殖場廢水尚少見報道，且已有的厭氧一好氧工藝處理養殖場廢水報道，其處理效果均很差，主要是好氧后處理對厭氧消化液污染物去除效果差。厭氧一加原水間歇曝氣(簡稱Anarwia工藝)是由我國研制開發的畜禽養殖污水處理新工藝，即將大部分畜禽養殖污水進行厭氧消化后，出水再與小部分未經厭氧消化的養殖污水混合，然后采用問歇曝氣序批式反應器處理混合水，該Anarwia工藝處理效果與序批式反應器直接處理工藝相同，但其水力停留時間、工程投資、剩余污泥量、需氧量同比分別降低38 6％、11．8％、16 4％和95 9％，并能回收沼氣。
