在處理方法的選擇上，應針對不同性質的含硫廢水，采用不同的處理工藝，工程中常常將不同的處理工藝聯合使用。表1對幾種常用及處于研究階段的含硫廢水處理方法進行了比較總結。

采用物理化學方法處理含硫廢水時，需要添加化學藥品和催化劑，在處理過程中需要通空氣(或氧氣)加熱，并需要分離處理等，因而能耗一般較大。投加化學藥品也會引起二次污染，并可能存在設備腐蝕等問題，且處理后的氣體、液體或沉淀物等末端產物還需再處理，成本較高。但一些新興的物化處理方法，如WAO法和SCWO法，處理效率高，處理徹底，日益受到人們重視。生化方法(以生物處理為主)與傳統物化處理方法相比，前期投資較大，但后期運行管理費用一般不高，或者由于可以得到單質硫產品而降低成本。另外，由于一般不必添加有毒化學藥品或催化劑，處理過程在常溫常壓下進行，無論對工藝的要求還是對設備的要求都比物化處理低。在工程實際中，各種處理方法均有其局限性，建設投資費用及運行費用由工程使用要求決定。選用何種處理方法取決于工程實際情況、已有處理設施以及當地的環境排放標準等。在實際含硫廢水處理中往往多種方法聯合使用，以達到所需要的處理要求。