厭氧反應分為三個階段：

第一階段是有機物在水解和發酵細菌的作用下分解成脂肪酸機器產物。

第二階段是產氫產乙酸在細菌的作用下進一步轉化成氫、二氧化碳和乙酸。

第三階段是甲烷發酵階段（堿性發酵階段）通過兩組不同的產甲烷菌的作用，一組把氫氣和二氧化碳轉化成甲烷，另一組是乙酸脫產生甲烷。