膜系統是按連續運行作為設計基準的，但在實際操作時， 總會有一定頻度的開機和停機。當膜系統停機時， 必須用其產水或經過預處理合格的水進行低壓沖洗，從膜元件中置換掉高濃度但含阻垢劑的濃水。還應采取措施預防系統內水漏掉而引入空氣， 因為元件失水干掉的話， 可能會產生不可逆的產水通量損失。如果停機小于 24 小時，則無需采取預防微生物滋生的措施。但停機時間超過上述規定，應采用保護液作系統保存或定時沖洗膜系統。