主要通過生物除磷和化學除磷去除污水中的總磷。生物除磷通過聚磷菌過量的吸附游離的磷，然后通過排泥（剩余污泥）的方式排出系統，達到除磷的目的。化學除磷就是添加含鐵或鋁的混凝劑如聚合氯化鋁達到除磷的目的。