菌種培養也叫污泥培養，是為活性污泥的微生物提供一定的生長繁殖條件，即營養物，溶解氧，適宜溫度和酸堿度。

具體培養方法：在溫暖季節，先使曝氣池充滿污水，悶曝（即曝氣而不進污水）數十小時后，即可開始進水。引進水量由小到大逐漸調節，連續運行數天即可見活性污泥出現，并逐漸增多。為加快培養進程，在培菌初期投加一些濃質糞便水或米泔水等，以提高營養物濃度。特別注意，培菌時期（尤其初期）由于污泥尚未大量形成，污泥濃度低，故應控制曝氣量，應大大低于正常期曝氣量。