1.高效地進行固液分離，其分離效果遠好于傳統的沉淀池，出水水質良好，出水懸浮物和濁度接近于零，可直接回用，實現了污水資源化。

2.膜的高效截留作用，使微生物完全截留在生物反應器內，實現反應器水力停留時間（HRT）和污泥齡（SRT）的完全分離，運行控制靈活穩定。

3.由于MBR將傳統污水處理的曝氣池與二沉池合二為一，并取代了三級處理的全部工藝設施，因此可大幅減少占地面積，節省土建投資。

4.利于硝化細菌的截留和繁殖，系統硝化效率高。通過運行方式的改變亦可有脫氨和除磷功能。

5.由于泥齡可以非常長，從而大大提高難降解有機物的降解效率，減少剩余污泥產量。