一是工作人員水平偏低。為確保污水處理廠運營順利，其管理人員多從當地聘用，但其專業知識、運營經驗、處理問題能力方面較欠缺；同時，由于污水處理在鄉鎮處于起步階段，其管理隊伍總體而言水平不高，這些都影響了污水處理廠的管理運營。

二是運營費用難以落實。污水處理廠運營費用主要由國家財政撥款和受益群眾出資構成，在具體的費用落實上，國家財政撥款程序多、手續復雜，落實較慢；

三是環保問題突出。由于工作人員疏忽、運營資金不到位、涉及標準過低等因素影響，部分鄉鎮污水處理廠作用發揮不到位，導致污水處理不到位，大量未經處理的污水流入自然界，對周邊生態環境造成了損害。