化學法處理制藥廢水主要包括鐵炭法、化學氧化還原法、電解法和深度氧化技術等.應用化學方法時，某些試劑的過量使用容易導致水體的二次污染，因此，在設計前應做好相關的實驗研究工作。

　　KMnO4氧化法：譚燕宏利用KMnO4氧化法預處理中草藥制藥廢水的優化反應條件為:KMnO4投加量13mg/L，反應時間為25min，pH值為6.預氧化法為后續處理減輕了很大難度，但是由于反應溫度過高，給實際應用提出了新的問題。

　　三維電極法：趙敏等利用三維電極法處理河南鄭州某制藥廠的維生素制藥廢水，優化工藝參數:電解電壓為10V，極板間距8cm，電解時間20min，初始pH為4.此時COD值和色度的最大去除率分別為59.5%和93.57%.但是酸性環境中可能會產生對電極和反應槽的腐蝕作用，所以尋求適合的催化劑，使反應在不調節pH或者在稍偏酸的環境中也有較好的處理效果，從而降低運行的成本。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。

　　深度氧化技術：深度氧化技術主要包括:Fenton試劑法、催化濕式氧化、光催化氧化、臭氧氧化等.這是一種處理難降解制藥廢水的新技術.Fang等利用Fenton試劑(鐵鹽和H2O2)預處理化學合成制藥廢水，反應條件溫和，但是氧化能力較弱，殘留大量鐵離子.Melero等采用復合型催化劑Fe2O3/SBA-15濕式氧化法處理制藥廢水，結果表明，COD和TOC去除率分別為81%、51%，提高了可生化性，但是，穩定催化劑的制備卻是一個難題.目前，Mohapatra等利用TiO2和ZnO納米乳清級光催化劑降解卡馬西平制藥廢水.實驗顯示，在TiO2和ZnO光催化劑作用下，去除率分別達到100%、92%.Qin利用O3/UV/H2O2處理鹽酸黃連素制藥廢水，結果表明，黃連素去除率達94.1%且可生化性提高.但是，O3的儲存和制備增加了設備與操作費用.因此，目前迫切需要一種高效、低能耗無二次污染的制藥廢水處理方法。