1生物化學法：生物化學法指通過微生物處理含重金屬廢水，將可溶性離子轉化為不溶性化合物而去除。硫酸鹽生物還原法是一種典型生物化學法，該法是在厭氧條件下硫酸鹽還原菌通過異化的硫酸鹽還原作用，將硫酸鹽還原成H2S，重金屬離子和H2S反應生成溶解度很低的金屬硫化物沉淀而被去除，同時H：S04的還原作用可將S02—4轉化為S2—而使廢水的pH值升高，從而形成重金屬的氫氧化物而沉淀。中國科學院成都生物研究所從電鍍污泥、廢水及下水道鐵管內分離篩選出35株菌株，從中獲得高效凈化Cr(VI)復合功能菌。
袁建軍利用構建的高選擇型基因工程菌生物富集模擬電解廢水中的汞離子，發現電解廢水中其他組分的存在可以增大重組菌富集汞離子的作用速率，且該基因工程菌能在很寬的pH范圍內有效地富集汞。但高濃度的重金屬廢水對微生物毒性大，故此法有一定的局限性，不過，可以通過遺傳工程、馴化或構造出具有特殊功能的菌株，微生物處理重金屬廢水一定具有十分良好的應用前景。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。
2生物絮凝法：生物絮凝法是利用微生物或微生物產生的具有絮凝能力的代謝物進行絮凝沉淀的一種除污方法。生物絮凝劑又稱第三代絮凝劑，是帶電荷的生物大分子，主要有蛋白質、黏多糖、纖維素和核糖等。目前普遍接受的絮凝機理是離子鍵、氫鍵結合學說。前述硅酸鹽細菌處理重金屬廢水可能的機理之一就是生物絮凝作用。目前對于硅酸鹽細菌絮凝法的應用研究已有很多隋吲，有些已取得顯著成果。運用基因工程技術，在菌體中表達金屬結合蛋白分離后，再固定到某些惰性載體表面，可獲得高富集容量絮凝劑。MasaakiTerashima等利用轉基因技術使E.coli表達麥芽糖結合蛋白(pmai)與人金屬硫蛋白(MT)的融合蛋白pmal-M1并將純化的pmal-MT固定在Chitopeara樹脂上，研究其對Ca2+和Ga2+的吸附特性，該固定了融合蛋白的樹脂具有較強的穩定性，并且其吸附能力較純樹脂提高十倍以上。
