微生物法即利用微生物的代謝作用，將廢水中呈溶解、膠體狀態的有機污染物轉化為穩定的物質，主要有好氧法、厭氧法、酶處理法和光合細菌法等。好氧法即在有氧參與的條件下，利用好氧微生物將廢水中的有機物加以分解的方法，主要有活性污泥法、序批式活性污泥法(SBR)、高效生物反應器(HCR)等，其中SBR和HCR是在活性污泥法基礎上改進的新技術;厭氧法是在無氧氣參與的條件下，通過厭氧生物對有機物進行酸性和堿性發酵兩個階段的分解處理來完成整個代謝過程，主要有厭氧濾池(AF)、厭氧流化床等(AFB)。生物強化新技術有利于顯著提高造紙廢水的二級處理效果，以降低廢水處理成本。

　　M.H.Muhamad等人將GAC-SBBR應用到雪蘭莪州的Muda造紙廠，GAC-SBBR主要部分為高密度生物膜反應器(HDPE)，由聚乙烯生物膜組成，該生物膜由直徑1.2m、最大處理水深度為1.8m、200g/L的2～3nm的顆粒狀的活性炭包裹而成，運行穩定。處理后廢水中五氯苯酚(PCP)的去除率在82%～100%，COD的去除率在39%～81%，且可以有效地降低廢水中AOX的含量。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。

　　A.C.Freitas等人研究了將不同白腐菌用于桉木硫酸鹽漿廢水的二級處理。研究發現，P.sajor鳳尾菇和米根霉對有機物生物降解效果最好，經過10天的培養，在250nm和465nm處相對吸光度分別降低了25%～46%、72%～74%，COD下降了74%～81%。

　　J.Chen等人從湖南某廠的制漿造紙廢液中培育出一種大頭茶屬變異菌株JW8，這種菌對制漿造紙廢水中堿性木素具有很好的降解作用。在傳統的SBR中接種JW8，可以顯著提高有機污染物的去除率，COD、BOD的去除率分別是96.4%和87.8%。但是存在缺點是具有較高的污泥體積指數(SVI)、生物泡沫和填充劑，這些可以通過食物與微生物量的比例調整來控制。