生物法制藥的廢水可分為提取廢水、洗滌廢水和其他廢水。廢水中污染物的主要成分是發醉殘余的營養物，如糖類、蛋白質、脂類和無機鹽類(Ca2+、Mg2+，K+，Na+，SO42-，HPO42-，Cl-，C2O4等)，其中包括酸、堿、有機溶劑和化工原料等。

　　1提取廢水：提取廢水是經提取有用物質后的發酵液，所以有時也叫發酵廢水。含大量未被利用的有機組分及其分解產物，為該類廢水的主要污染源。另外，在發酵過程中由于工藝需要采用一些化工原料，廢水中也含有一定的酸、堿和有機溶劑等。

　　2洗滌廢水：洗滌廢水來源于發酵罐的清洗、分離機的清洗及其它清洗工段和洗地面等，水質一般與提取廢水(發酵殘液)相似，但濃度較低。

　　3其他廢水：生物制藥廠大多有冷卻水排放。一般污染段濃度不大，可直接排放，但最好回用。有些藥廠還有酸、堿廢水，經簡單中和可達標排放。在生物制藥廢水中，維生素C生產廢水有機污染也十分嚴重，綜合廢水的COD含量可達為8000～10000mg/L，含甲醇、乙醇、甲酸、蛋白質、古龍酸、磷酸鹽等物質，廢水偏酸性。生物制藥廢水一般成分復雜，污染物濃度高，含有大量有毒、有害物質、生物抑制物(包括一定濃度的抗生素)、難降解物質等，帶有顏色和氣味，懸浮物含量高，易產生泡沫等。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。

　　水質特征：1COD濃度高：以抗生素廢水為例，其中主要為發醉殘余基質及營養物、溶媒提取過程的萃余液、經溶媒回收后派出的蒸餾釜殘液、離子交換過程排出的吸附廢液、水中不溶性抗生素的發酵濾液、染菌倒灌液等。SS濃度高：其中主要為發酵的殘余培養基質和發酵產生的微生物絲菌體。如慶大霉素SS為8000mg/L左右，對厭氧EGSB工藝處理極為不利。存在難生物降解物質和有抑菌作用的抗生素等毒性物質對于抗生素類廢水來說，由于發酵中抗生素得率較低(0.1%～3%)、分離提取率僅為60%～70%，大部分廢水中的抗生素殘留濃度均較高。硫酸鹽濃度高：如鏈霉素廢水中的硫酸鹽含量為3000mg/L左右，最高可達5500mg/L;土霉素為2000mg/L左右;慶大霉素為4000mg/L。水質成分復雜：中間代謝產物、表面活性劑(破乳劑、消沫劑等)和提取分離中殘留的高濃度酸、堿、有機溶劑等化工原料含量高。該類成分易引起pH波動大、色度高和氣味重等不利因素，影響厭氧反應器中甲烷菌正常的活動。