厭氧池發黑是正常的。主要是厭氧菌群的聚集現象引起的。厭氧反應池中: 一個生物體或細胞能在分子氧缺乏或不存在下生長；不需要游離氧能生長的一種微生物如脫硫弧菌;有機物質被厭氧菌在厭氧條件下分解產生甲烷和二氧化碳的過程，因氧是在空氣缺乏的條件下從有機物中移出而生成CO2的。無論是酸性發酵，還是沼氣發酵，參與生化反應的氧都是來自于水、有機物、硝酸鹽或被分解的亞硝酸鹽。