三槽式氧化溝可在A、D的起始階段從曝氣側溝排泥，此時曝氣溝內的污泥濃度也較高，在排泥過程中，一部分被污泥吸附的物質可隨污泥一起排出，也可減輕此后反應該階段的處理負荷，總之，排泥方式和排泥時間需根據運行周期的時間、污泥沉降性能等綜合考慮，不能一成不變，交替排泥模式需由單獨的控制系統來控制。