針對不同的污染選用不同的藥劑清洗。1、濃鹽水，對膠體污染嚴重的膜采用濃鹽水清洗是有效的，這是由于高濃度鹽水能減弱膠體間的相互作用，促進膠體凝聚形成膠團。

2、加酶洗滌劑，用加酶洗滌劑處理制水設備反滲透膜，對有機物污染，特別是對蛋白質，油類等有機物污染特別有效，若在50℃-60℃下清洗效果更好。

3.水溶性乳化液，用于清洗被油和氧化鐵污染的膜十分有效，一般清洗30-60分鐘。

4、雙氧水溶液，例如將0.5L,30%的H2O2用12L去離子水稀釋，然后清洗制水設備反滲透膜的表面，這種方法對有機物污染特別有效。

5、檸檬酸溶液，在高壓或低壓下，用1%-2%的檸檬酸水溶液對膜進行連續或循環沖洗，這種方法對Fe(OH)3污染有很好的清洗效果。