氯與水反應時，一般產生“歧化反應”，生成次氯酸（HOCL）和鹽酸（HCL）。

HOCl是中性分子,可以擴散到帶負電的細菌表面,并穿透細胞壁進入細菌內部起氧化作用，破壞細菌的酶系統使細菌死亡。OCl也具有殺菌能力，但帶負電，難以接近帶負電的細菌。HOCl和OCl的殺菌效果在試驗的條件下大致為80:1。

氯的滅菌作用主要是次氯酸，因為它是體積很小的中性分子，能擴散到帶有負電荷的細菌表面，具有較強的滲透力，能穿透細胞壁進入細菌內部。氯對細菌的作用是破壞其酶系統，導致細菌死亡。而氯對病毒的作用，主要是對核酸破壞的致死性作用。

主要特點

(1)處理水量較大時，單位水體的處理費用較低；

(2)水體氯消毒后能長時間地保持一定數量的余氯，從而具有持續消毒能力；

(3)氯消毒歷史較長，經驗較多，是一種比較成熟的消毒方法。