在MBR工藝發展的20年間，隨著科技水平的提高，MBR工藝的應用存在如下問題：
1投資成本較高：隨著各國對薄膜技術的深入研究，膜成本從1992年的400美元/m2降至2005年的不足50美元/m2。雖然膜技術的進步使MBR工藝的投資成本大大降低，但是與傳統污水處理工藝相比，其投資成本依然偏高。
2運行成本較高：在MBR工藝運行中，由于污泥濃度較高，造成薄膜污染嚴重，因此需要增大曝氣量以便減緩薄膜污染，勢必會增大電能消耗。同時MBR膜組件需要定期更換等，都增加了MBR運行成本。3.4.3膜污染問題MBR工藝中膜污染問題是困擾科研人員的難題，短時間內徹底的解決辦法就是更換薄膜。在高濃度工業廢水的處理中，膜的污染問題更為嚴重。下一步需要重點研究延長膜污染的時間和減輕膜污染的程度。具體聯系污水寶或參見http://www.jianfeilema.cn更多相關技術文檔。
MBR工藝展望：在未來MBR發展過程中，有以下主要研究方向：(1)開發高性能、低成本膜組件近些年，人們著力于研究新型薄膜，具有性能好、造價低等特點，如仿生膜等。(2)膜組件的標準化在MBR工藝發展期中，膜成本及其運行成本已得到很好的控制，但仍需進一步降低成本。MBR膜組件需要在行業內進行標準化，實現行業范圍內的統一，才可降低MBR工藝的成本。MBR技術與傳統的生物處理程序相比具有處理負荷大、處理水質佳、操作簡單等優點，如果能將薄膜的造價進一步降低，該處理技術將無懈可擊。MBR技術以其優良的性能，較低的造價越來越廣泛應用于污水處理中，勢必成為未來廢、污水生物處理設備的主流。
