中成藥廢水具有成分復雜，有機污染物種類多、濃度高、CODCr值和BOD5值高且波動性大、廢水的BOD5/CODCr值差異較大、NH3-N濃度高、色度深、毒性大、固體懸浮物SS濃度高等特點，直接采取好氧厭氧工藝處理很難達到預期效果，一般都要經過預處理，提高廢水的可生化性。
1.混凝法
預處理采用混凝法主要是去除廢水中的分散顆粒和膠體物質，以降低色度和COD，通過實驗研究，發現PFSS為最佳混凝劑。
2.鐵屑還原法
中藥提取物生產廢水采用鐵屑還原法作為預處理工藝,不僅可去除40%以上的CODcr;還可顯著提高廢水的可生化性,其BOD/COD將由0.1~0.15提高到0.30以上,為后續的生化處理提供了穩定的水質。
采用鐵屑還原法作為預處理時使生化處理過程中容易形成顆粒化污泥,并顯著地提高了污泥的沉降性能,因而系統啟動時間短,運行穩定。用鐵屑還原法作為預處理時可以有效的對中藥提取物生產廢水脫色,無須采用化學氧化便可使出水色度符合排放標準。采用鐵屑還原法作為預處理時,系統的污泥產生量較大,設計時應充分考慮污泥的出路問題,以免造成二次污染。
3.水解法
在以生產中成藥為主的制藥廠排出的廢水中,含有許多有機物都是從植物中帶來的,例如單寧、甙類、蒽醌、生物堿等。這類有機污染物結構比較復雜,不宜生物降解。通過水解法對中成藥廢水進行預處理并沒有直接降低是使廢水中結構復雜的大分子有機物降解轉變成結構簡單的小分子有機物,使它們易于生物降解。水解法是通過加水分解含易水解基團聚合物的方法，水解必須在特殊條件下進行。水解反應是水與另一化合物反應，該化合物分解為兩部分，水中氫原子加到其中的一部分，而羥基加到另一部分，因而得到兩種或兩種以上新的化合物的反應過程。
4.水膜除塵技術
在中藥廢水進行好氧生化前，將中藥廢水與煤渣和煙道廢氣相互作用，進行以脫色和降解COD為主的預處理，使生化處理前的BOD/COD值（即可生化性）提高，色度降低，有利于后續好氧生化處理。
在這一過程中，生產廢水先與鍋爐煤渣作用，將生產廢水中的顆粒雜質以及有機高分子膠體物質過濾吸附截留，然后再與鍋爐煙道廢氣作用。在煙道廢氣的高溫及粉煤灰的作用下，廢水中的高分子污染物被分解和吸附，從而使廢水得以脫色，COD得以降解，提高了廢水的可生化性。
5電解預處理
電解法處理廢水高效、易操作，可降低廢水和色度。提高廢水可生化性。可作為制藥廢水預處理并與生化法聯用。實驗證明用電解方法對制藥廢水作預處理時，最佳停留時間為30min，電解電壓高有利于處理效果，廢水最佳pH值為9。對含鹽量不高的制藥廢水，選用NaCl作為電解質處理效果最佳。當NaCl用量達到6.7g/L時，加入NaCl對電解處理效果幾乎無影響。
