南京市排水管理處成立于1978年，屬差額撥款的事業(yè)單位。2004年，因市政管養(yǎng)體制改革，原承擔的行業(yè)規(guī)劃、行業(yè)執(zhí)法、行業(yè)考核、城區(qū)防汛、排水許可等行業(yè)管理職能剝離。目前，主要負責全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水閘、內(nèi)秦淮河截流溝等排水設施的運行維護，并負責江心洲污水處理廠和仙林污水處理廠的運行。同時，承擔部分排水工程的建設任務和排水許可的委托檢測工作。 處機關設辦公室、黨群工作部（工會、共青團）、運行維護部、技術設備部、工程管理部、綜合管理部、安全保衛(wèi)部、計劃財務部8個部門，共設有江心洲污水處理廠、仙林污水處理廠、管線管理所、閘站管理所、河道管理所、排水監(jiān)測站、給排水工程公司、監(jiān)理咨詢公司8個基層單位。 另外，2002年經(jīng)主管局批準成立的江心洲污水處理廠擴建工程指揮部（簡稱“江擴指”），隸屬于排水管理處，相對獨立運作。先后承擔了江心洲污水處理廠擴建工程、仙林污水處理廠一期建設工程的建設任務。目前主要負責鎖金村地區(qū)雨污分流改造工程、玄武湖流域雨污分流及水環(huán)境整治工程的建設工作。根據(jù)所承擔的工作任務，2010年7月對江擴指機構(gòu)予以撤銷，人員與工程管理部作了整合，保留江擴指綜合協(xié)調(diào)辦公室負責處理江心洲污水處理廠建設的善后事宜。
南京市排水管理處位于江蘇路20號，是一家專注于環(huán)境保護的高新技術企業(yè)。作為專業(yè)的環(huán)保公司，始終以中國的環(huán)境保護事業(yè)為己任，竭誠致力于環(huán)保服務事業(yè)，綜合實力在全省同類型企業(yè)名列前茅。南京市排水管理處成立以來，已經(jīng)取得國家環(huán)保部頒發(fā)的污染治理設施運營資質(zhì)證書，具體為：2009年獲得生活污水甲級資質(zhì)，有效期為2012年05月；2009年獲得工業(yè)廢水甲臨資質(zhì)，有效期為2012年05月。